Eckhard Boles (geboren am 4. September 1963 in Altena) ist ein deutscher Mikrobiologe und Biotechnologe. Seit 2002 ist er Professor für Mikrobiologie mit Schwerpunkt auf der Physiologie und Genetik niederer Eukaryonten an der Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main. Er trat zum Oktober 2024 in den Ruhestand. Er arbeitet vor allem an der Optimierung von Hefen für die Industrielle Biotechnologie.