Ein Einbettungsmedium, auch Einbettmedium, Einbettungsmittel, Einschlussmedium, Eindeckmedium oder mit dem englischen Begriff Mounting Medium bezeichnet, ist in der Lichtmikroskopie eine auf das zu beobachtende Objekt gegebene Substanz, die das Objekt in mikroskopischen Präparaten direkt umgibt. Das Einbettungsmedium füllt den Raum zwischen Objektträger und Deckglas möglichst vollständig aus. Die Zugabe des Mediums wird als einbetten oder einschließen bezeichnet. Dieses Einbetten ist zu unterscheiden vom Einbetten von Objekten für die weitere Behandlung, etwa Einbetten in Paraffin zum Erstellen von dünnen Schnitten. Letzteres wird im Artikel Histologische Technik erläutert.
Befinden sich die zu mikroskopierenden Objekte in einer natürlichen Umgebung, wie es etwa bei Wasserorganismen in Wasser der Fall ist, spricht man nicht von Einbettungsmedien.