Endophyten-Mikrobiom-Symbiosen beschreiben die symbiotischen Beziehungen zwischen Pflanzen und den Endophyten, die ihre Gewebe kolonisieren. Endophyten, zumeist Bakterien und Pilze, leben asymptomatisch im Pflanzengewebe und beeinflussen die Pflanzengesundheit, das Wachstum sowie die Widerstandsfähigkeit gegen Umweltbelastungen. Diese Interaktionen können mutualistisch, neutral oder antagonistisch sein und umfassen komplexe Wechselwirkungen zwischen Pflanze und Mikroorganismen.