Ernst Werner (* 20. November 1920 in Tisá/Tyssa, Bezirk Děčín; † 15. Februar 1993 in Leipzig) war ein deutscher Historiker. Er wirkte von 1957 bis 1986 als Professor für Allgemeine Geschichte des Mittelalters an der Karl-Marx-Universität Leipzig und war von 1967 bis 1969 deren Rektor. Er gilt als einer der bekanntesten Mittelalterhistoriker der Deutschen Demokratischen Republik (DDR).