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Die Formel-3000-Saison 1999 war die 15. Saison der Formel 3000. Sie begann am 1. Mai 1999 in Imola und endete am 25. September 1999 auf dem Nürburgring. Insgesamt wurden zehn Rennen gefahren. Den Meistertitel der Fahrer gewann Nick Heidfeld, dessen Team West Competition den Meistertitel der Teams gewann. Die Saison 1999 wurde durch zwei Schicksalsschläge überschattet: Gonzalo Rodríguez, der bis ein Rennen vor Saisonende den zweiten Platz belegte, starb bei einem Gaststart in der amerikanischen CART-Serie bei einem Unfall in Laguna Seca. Jason Watt, der beim letzten Saisonrennen den zweiten Platz von Rodríguez übernahm, ist seit einem Motorradunfall, der wenige Wochen nach Saisonende geschah, querschnittgelähmt.