Die Geschichte Malis umfasst die Entwicklungen auf dem Gebiet der Republik Mali und historischer malischer Reiche von der Urgeschichte bis zur Gegenwart. Die vorschriftliche Geschichte Malis reicht derzeit etwa 150.000 Jahre zurück, während schriftliche Quellen erst mit der Islamisierung ab dem 8. bis 11. Jahrhundert einsetzen. Dabei war die Besiedlung vor dem Beginn der produzierenden Lebensweise und auch lange Zeit danach in überaus hohem Maße von der stark schwankenden Ausdehnung der Sahara abhängig. Ab etwa 9500 v. Chr. stellten Jäger und Sammler Keramik her, später wurden Rinder domestiziert und Schafe und Ziegen aus Westasien eingeführt. Um 2000 v. Chr. lebte man im Süden des Landes ganz überwiegend vom Ackerbau, insbesondere von Hirse und anderen Grassamen; nach 800 v. Chr. kam Reis hinzu. Im Binnendelta des Niger entstand aus eigener Wurzel eine Stadtkultur um 300 v. Chr., wobei die Stadt Djenne-Djeno bis zu 33 ha groß wurde, der Dia-Komplex umfasste etwa 100 ha.
Möglicherweise seit den Phöniziern, dann den Römern betrieben Berber einen Etappenhandel durch die Sahara, der sich mit dem zeitlich nicht näher bestimmbaren Entstehen des Ghanareiches intensiviert haben dürfte. Dabei spielte zunächst Gold eine wesentliche Rolle. Innerislamische Richtungskämpfe zwischen Berbern und Arabern brachten zahlreiche muslimische Flüchtlinge nach Mali, zugleich wird der Handel mit Gold deutlicher fassbar.
Im 11. bis 13. Jahrhundert konvertierten die einflussreichsten Könige der Region zum Islam, was im Widerspruch zur angeblichen militärischen Unterwerfung der Region stand, mit der die Sklavenjagd gerechtfertigt wurde. Berühmt wurde das gleichfalls auf der lokalen Goldgewinnung basierende Malireich, dessen Goldtransaktionen eine solche Größenordnung aufwiesen, dass sie das mittelmeerische Münz- und damit das Handelssystem ins Wanken brachten. Auch kulturell und politisch wurde das Reich zu einem der bedeutendsten Zentren der Alten Welt. Mitte des 14. Jahrhunderts machte sich das Songhaireich von Mali unabhängig und dominierte bis 1591 den Großraum.
Diese Vorherrschaft endete durch einen Feldzug Marokkos, das Gao und Timbuktu eroberte und den Gold- und Salzhandel für kurze Zeit kontrollierte. Die entstehenden Kleinreiche konnten infolgedessen immer weniger am Transsaharahandel partizipieren, der sich ostwärts verlagerte. Zugleich wuchs der technologische, organisatorische und finanztechnische Rückstand gegenüber dem Norden und vor allem denjenigen Ländern, die den Atlantikhandel dominierten, weiter. Mit dem ökonomischen Niedergang nahm der Sklavenhandel zu, der sowohl von Arabern als auch von den frühkolonialen Mächten angetrieben wurde. Die fehlenden staatlichen Strukturen in weiten Teilen des Landes spielten weniger formellen Verbänden, wie den Sufi-Orden in die Hände, vor allem der Qādirīya und der Tidschānīya, die zunehmend den Handel und das Geistesleben kontrollierten. ʿUmar Tall, wichtigster Vertreter der Tidschānīya, begann ab 1851 einen „heiligen Krieg“ (Dschihad) gegen seine Nachbarn, wobei er mit den Franzosen im Senegal in Konflikt geriet. Zugleich aber erlangten die Richter von Timbuktu, die dem neuen Herrn skeptisch gegenüberstanden, weit über Mali hinausreichenden Einfluss.
1883 besetzten französische Truppen Bamako, das erst durch die Kolonialmacht zum Mittelpunkt Malis wurde, 1894 folgte Timbuktu. Hinter dieser Expansion stand das Vorhaben, die anderen Kolonialmächte aus der Region abzudrängen, angetrieben durch Kaufleute aus Bordeaux, die am Handel in Westafrika interessiert waren. Neben der administrativen Durchdringung, die die lokalen Honoratioren im Amt beließ oder neue gegen die etablierten ausspielte, stellten Forts die französische Herrschaft ebenso sicher, wie Eisenbahn- und Schiffsverbindungen. Die Bevölkerung wurde durch Steuern, mitunter auch durch Zwangsarbeit dazu gebracht, an öffentlichen Arbeiten teilzunehmen und Produkte für den internationalen Markt herzustellen. Die entsprechenden bürgerlichen Rechte wurden den Bewohnern jedoch bis kurz vor der Unabhängigkeit im Jahr 1960 vorenthalten.
Der Staat Mali ist wie die meisten Staaten Afrikas in seiner heutigen Form erst aufgrund kolonialer Grenzziehungen entstanden. Von 1960 bis 1991 herrschte dort ein zunächst marxistisch orientiertes Einparteien-Regime, das ab 1992 durch gewählte Regierungen und durch ein Parteiensystem abgelöst wurde. Auseinandersetzungen mit den im Norden lebenden Tuareg führten immer wieder zu Aufständen, doch erst das Auseinanderbrechen Libyens und die Intervention verschiedener terroristischer Organisationen führten zum Bürgerkrieg, in dessen Verlauf es in Timbuktu zu erheblichen Zerstörungen am Weltkulturerbe kam. 2013 griff Frankreich auf Seiten der Regierung in den Krieg ein, später kamen deutsche Soldaten hinzu. Mali gehört dabei zu den ärmsten Ländern der Welt.