Eine Homing-Endonuklease bezeichnet eine Endonuklease mit einer asymmetrischen Erkennungssequenz. Homing-Endonukleasen kommen meistens in mobilen genetischen Elementen wie einigen selbstspleißenden Introns (aus Gruppe I oder II) oder manchen Inteinen vor und dienen dort zur Einleitung der Insertion ihres mobilen genetischen Elements. Daher gehören ihre Gene zu den eigennützigen DNA.