Ziel der Medizinischen Dokumentation ist geordnete Information und Wissen über Krankheitsbilder und Behandlungsmethoden (Typen) und für die individuellen Fälle einzelner Patienten (Instanzen) so zu ordnen, dass die medizinische Versorgung im weitesten Sinne unterstützt werden kann. Die medizinische Dokumentation erfasst Informationen nicht nur von Patienten, sondern auch von Gesunden, sofern sie z. B. systematisch untersucht werden (Beispiel Screening auf Krankheiten).
Die medizinische Dokumentation ist gleichzeitig Beweisunterlage für die Leistungsabrechnung. Sie muss daher nach SGB V revisionsfest und im Haftungsfall gerichtsfest verfasst sein.