Recombineering (englisch von recombinogenic engineering) bezeichnet eine molekularbiologische Methode zur Manipulation von DNA, basierend auf der homologen Rekombination von Escherichia coli, die unter dem Synonym Red/ET Rekombination bekannt ist.
Recombineering basiert auf der homologen Rekombination, die von Proteinen, die aus Bakteriophagen stammen, in Escherichia coli vermittelt wird. Zwei homologe Systeme sind bekannt. Das RecE/RecT des Rac-Prophagen und das red-Operon bestehend aus Redγ, Redβ und Redα vom Bakteriophagen λ. Beide Systeme erlauben den effizienten und exakten Austausch frei wählbarer DNA-Abschnitte zwischen zwei unterschiedlichen DNA-Molekülen. Das red-Rekombinationssystem wird dabei am häufigsten verwendet. Der Austausch von DNA erfolgt über zwei dem Zielfragment flankierende homologe (ähnliche oder identische) Bereiche mit einer Länge von 30 bis 50 Bp.