Das Schloss Pfaffenhausen ist ein abgegangenes Schloss in der heutigen Bahnhofsstraße 7 (Einmündung Burgstraße) in Pfaffenhausen im oberschwäbischen Landkreis Unterallgäu in Bayern.
Das Schloss entstand aus einer im 13. Jahrhundert erbauten Burg. Das Bauwerk wurde nach mehreren Wiederaufbauten und Umbau zum Schloss schließlich in den Jahren 1808 bis 1809 abgerissen. Das Schloss diente unter anderem dem hochstiftischen Pfleger des Fürstbischofs als repräsentative Residenz.[1]