Septate Junctions, selten auch als Septumverbindungen bezeichnet, sind in der Zellbiologie schmale Bänder aus Membranproteinen, die Epithelzellen von Invertebraten vollständig umgürten. Sie sind für die Aufrechterhaltung einer parazellulären Barriere und die Kontrolle des parazellulären Transports von Molekülen über das Epithel zuständig.
Septate Junctions kommen bei Wirbellosen vor und wurden vor allem an Arthropoden untersucht. Bei den Wirbeltieren haben die Tight Junctions eine analoge Funktion.