Die Siboga-Expedition war eine niederländische wissenschaftliche Expedition von März 1899 bis Februar 1900 zur hydrografischen und zoologischen Erforschung indonesischer Gewässer (damals Niederländisch Ost-Indien). Namensgebend ist das verwendete Schiff Siboga. Organisiert und geleitet wurde die Expedition vom Zoologen Max Wilhelm Carl Weber, dem Direktor des Zoölogischen Museums der Universität Amsterdam (ZMA).