Der St. Agatha-Orden wurde am 5. Juni 1923 vom Großen Rat der Republik San Marino gestiftet. Er ist nach der heiligen Agatha benannt, an deren Festtag, dem 5. Februar, Papst Clemens XII. 1740 die Souveränität der Republik wieder errichtete.
Der Orden ist Ausländern vorbehalten und kann Personen verliehen werden, die sich durch Initiative, Arbeit und Wohltätigkeit gegenüber den frommen Stiftungen des Landes für die Republik Verdienste erworben haben. Der amtierende Regentenrat nimmt sich gemeinsam des Großmeisteramtes des Ordens an. Der Orden wird auf Vorschlag einer Kommission verliehen, der unter anderem die zwei amtierenden Regenten und der Präsident der frommen Stiftungen angehören.