Wepfer ist der Familienname folgender Personen:
- Emil Wepfer (1883–1930), deutscher Paläontologe und Geologe
- Georg Michael Wepfer (1591–1659), Schweizer Politiker
- Hans-Ulrich Wepfer (1938–2024), Schweizer Historiker, Seminarlehrer, Denkmalpfleger und Museumsleiter
- Johann Conrad Wepfer (1657–1711), Schweizer Mediziner
- Johann Jakob Wepfer (1620–1695), Schweizer Mediziner und Autor
- Johann Konrad Wepfer (1747–1811), Schweizer Politiker
- Res Wepfer (* 1966), Schweizer Musiker und Psychologe
