William Howard Stein (* 25. Juni 1911 in New York City; † 2. Februar 1980 ebenda) war ein US-amerikanischer Biochemiker. Er erhielt 1972 zusammen mit Christian B. Anfinsen und Stanford Moore für seine Arbeiten zur chemischen Struktur und zur katalytischen Wirkung des aktiven Zentrums des Ribonuklease-Moleküls den Nobelpreis für Chemie.