Morfogenees (kreeka morphê "kuju" ja genesis "loomine", sõna-sõnalt „vormi tekkimine“) on ontogeneesis toimuv bioloogiline protsess, mille tulemusena rakk, kude või organism omandab oma kuju. See on üks kolmest arengubioloogia põhiaspektist koos kudede kasvu ja rakkude diferentseerumisega.
Protsess kontrollib rakkude organiseeritud ruumilist jaotumist organismi embrüonaalse arengu ajal. Morfogenees võib toimuda ka küpses organismis, näiteks kudede normaalsel säilitamisel tüvirakkude poolt või kudede regenereerimisel pärast kahjustusi. Vähk on näide äärmiselt ebanormaalsest ja patoloogilisest koe morfogeneesist. Morfogenees kirjeldab ka selliste ainuraksete eluvormide arengut, mille elutsüklis ei ole embrüonaalset staadiumi. Morfogenees on oluline uute vormide evolutsiooniks.
Morfogenees on mehaaniline protsess, mis hõlmab jõudusid, mis tekitavad mehaanilist pinget, tüve ja rakkude liikumist[1] ning mida saab esile kutsuda geneetiliste programmide abil vastavalt rakkude ruumilisele mustrile kudedes. Ebanormaalset morfogeneesi nimetatakse düsmorfogeneesiks.