Molekyyli on kahden tai useamman atomin muodostama rakenne, jossa atomien välillä on kovalenttinen sidos. Molekyyliyhdisteet ovat sähköisesti neutraaleja.[1]
Kemiallista yhdistettä ei voi jakaa molekyyliä pienempiin yksiköihin; molekyyli on yhdisteen pienin osa, joka säilyttää yhdisteelle tyypillisen koostumuksen ja kemialliset ominaisuudet. Yksinkertaisin molekyyli on vetymolekyyli (H2), joka koostuu kahdesta vetyatomista ja joiden välillä on yksi kovalenttinen sidos.