Chytridiomycose

La chytridiomycose est une maladie infectieuse fatale affectant les amphibiens (anoures, urodèles et gymnophiones)^[1].

C'est une maladie émergente provoquée par le chytridiomycète Batrachochytrium dendrobatidis, qui contribue au déclin des populations d'amphibiens dans le monde entier. En 2004, elle affectait déjà 30 % des espèces mondiales d'amphibiens^[2]. « En moins de trente ans, les scientifiques estiment que plus de 120 espèces ont disparu et 435 ont fortement régressé »^[3]. En 2010, 387 espèces étaient reconnues affectées, dans 45 pays^[4].

En Europe, les premières mortalités massives dues à ce champignon ont d'abord été constatées en Espagne, puis en France, en Suisse, en Grande-Bretagne. Les données de séquençage génétique (24 millions de nucléotides) notamment produites par Matthew Fisher & al; (Imperial College de Londres) à partir de 20 isolats de Bd (B. dendrobatidis) collectés chez 11 espèces d'amphibiens en Afrique du Sud, Amérique du Nord et centrale, Australie et Europe ont mis en évidence trois lignées très divergentes. Un groupe (« lignée Bd-GPL », hautement pathogène et qui a subi une recombinaison génétique récente, au XX^e siècle) et présent sur les cinq continents, semble responsable de toutes les mortalités massives constatées depuis quelques années. Un isolat trouvé en Suisse forme un autre groupe. Des souches trouvées en Afrique du sud et Espagne (Majorque) constituent un troisième groupe. Ces deux derniers groupes se montrent peu pathogènes, mais des biologistes japonais, chinois et américains ont récemment aussi détecté de nouvelles lignées infestant des espèces endémiques au Japon, en Chine et au Brésil. La présence de certaines souches n'empêche pas les populations qu'elles infectent de progresser^[5], alors que les souches pathogènes peuvent rapidement faire disparaitre des populations.