Le drapeau de la Bourgogne peut désigner plusieurs drapeaux différents :
- La croix de Bourgogne drapeau militaire des Valois-Bourgogne lors des États bourguignons, puis continue à être utilisé comme drapeau de l'Empire espagnol, des Pays-Bas méridionaux et la Franche-Comté (comté de Bourgogne).
- Le drapeau de la Bourgogne (région historique et culturelle), reprenant les armoiries des ducs de Bourgogne du rameau Valois-Bourgogne.
- Le drapeau de la Bourgogne-Franche-Comté, reprenant les armoiries de la Bourgogne-Franche-Comté, ce qui donne un mélange du drapeau précédent et de celui de la Franche-Comté.
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