Alors qu'une guerre éclate entre Rigel et Zofia, les deux royaumes de Valentia, deux amis d'enfance, Alm et Celica, tentent de rétablir la paix, respectivement en essayant de contrer la tentative d'invasion de Rigel, et de retrouver Mila, la Déesse Mère de la Terre portée disparue. Le joueur peut diriger ces deux armées simultanément, afin de faire progresser l'histoire et de restaurer la paix à Valentia, en recrutant de nombreux alliés en chemin.
Il reprend le système de jeu du premier jeu de la série, Fire Emblem: Shadow Dragon & the Blade of Light, tout en ajoutant de nouveaux éléments de gameplay comme une carte du monde navigable. L'action de ces jeux est d'ailleurs située dans le même monde, mais sur un continent différent, Valentia.
Bien que décrié par la critique dans un premier temps, Fire Emblem Gaiden reste un succès commercial et plusieurs de ses nouveautés sont par la suite reprises par d'autres opus de la saga Fire Emblem, comme la carte du monde. Il est d'ailleurs comparé sur cet aspect à Zelda II: The Adventure of Link ou à CastlevaniaII: Simon's Quest, eux aussi des seconds opus de sagas débutées sur Famicom, radicalement différents de leurs prédécesseurs, et dont les innovations ne font pas l'unanimité.