L'histoire du Pakistan débute avec l'idée de la création d'une nation pour les musulmans du sous-continent indien sous le Raj britannique, avec l'influence d'intellectuels et de la Ligue musulmane. Le Pakistan est créé dans la nuit du au au cours de la partition des Indes. Il est alors constitué de deux parties, communément appelées Pakistan occidental et Pakistan oriental, séparées entre elles par quelque 1 700 kilomètres de territoire indien.
Pour toute la période avant 1947, le territoire du Pakistan actuel fait partie du sous-continent indien (l'Inde au sens large ou « les Indes ») : voir préhistoire de l'Inde, histoire de l'Inde, conquêtes musulmanes des Indes, Raj de la Compagnie britannique des Indes orientales en Inde (1757-1858), Raj britannique (1858-1947).
Depuis sa fondation, le pays a connu surtout une instabilité politique récurrente, à quoi s'ajoute une forte influence de l'armée. Son histoire est marquée par trois coups d'État militaires et des périodes de démocratie instable. En outre, depuis sa création, il entretient des relations tendues avec l'Inde en raison de prétentions territoriales concurrentes sur le Cachemire, les deux pays s'étant affrontés à travers trois guerres successives. En 1971, le Pakistan se trouve réduit à sa partie occidentale au terme de la guerre d'indépendance du Bangladesh. Depuis 2004, le pays fait face à une insurrection islamiste.
Entre 1947 et 1958, sept Premiers ministres se succèdent avant que le chef de l'armée Ayub Khan mène un coup d'État. Sous la pression d'un mouvement populaire, il quitte le pouvoir en 1969 mais le cède à un autre militaire, Yahya Khan. En 1971, l'armée abandonne le pouvoir à Zulfikar Ali Bhutto qui rétablit un régime civil et mène une politique socialiste en s'appuyant sur le Parti du peuple pakistanais (PPP), qui remporte les premières élections libres. Bhutto est cependant pendu après le coup d'État militaire de 1977 conduit par le général Zia, qui va par la suite islamiser en profondeur la société.
Après la mort de Zia en 1988, le pays connait une phase démocratique instable. Durant près de dix ans, les gouvernements de Benazir Bhutto, fille d'Ali Bhutto, et de Nawaz Sharif se succèdent sans jamais parvenir à la fin de leur mandat. Le second est renversé en 1999 par un nouveau coup d'État du chef de l'armée Pervez Musharraf. Ce troisième régime militaire est le plus court. Confronté à l'union de l'opposition et au mouvement des avocats, Musharraf est contraint de démissionner en 2008. S'ouvre alors une nouvelle période démocratique plus stable, même si les militaires conservent une forte influence. En 2013, le PPP achève un mandat de cinq ans puis la Ligue musulmane de Nawaz Sharif fait de même en 2018.