Un micro-organisme ou microorganisme (du grec ancien μικρός / mikrós, « petit » et de ὄργανον / órganon, « organe ») ou microbe (du grec μικρός / mikrós, « petit » et βίος / bíos, « vie ») est un organisme unicellulaire qui ne peut être observé individuellement qu'à l'aide d'un microscope. Dans leur ensemble, les microorganismes représentent la majeure partie du monde vivant.
Les trois domaines du vivant sont représentés parmi les micro-organismes : bactéries, archées et eucaryotes unicellulaires (protistes et champignons). Certains microbiologistes y ajoutent les virus alors que d'autres ne les considèrent pas comme des êtres vivants à part entière[1],[2], puisqu'ils ne peuvent métaboliser ni se répliquer de manière autonome, hors d'une cellule-hôte[3].
En améliorant le microscope et en mettant en évidence dès le XVIIe siècle l'existence des bactéries, Antoni van Leeuwenhoek apparaît comme le précurseur de l'étude des micro-organismes et de la biologie cellulaire. Depuis 1872 (Ferdinand Julius Cohn) les « bactéries » sont différenciées des levures, des moisissures, des infusoires ou des parasites.