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Le microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal est extrêmement divers (biodiversité taxonomique, génétique et fonctionnelle). Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
La plupart des organismes du microbiote sont naturellement présents sur la peau ou dans le tube digestif où ils effectuent des tâches utiles, voire essentielles à la survie de l'individu hôte. Dans des circonstances normales, ils ne provoquent pas de maladies (ils sont également désignées sous le nom de « flore normale »). Ils forment une « communauté écologique complexe » qui « influe sur la physiologie normale et la susceptibilité à la maladie, à travers une activité métabolique collective et ses interactions avec l'hôte ». Cette communauté est parfois considérée comme une communauté symbiote.
Le plus connu des organismes du microbiote est la bactérie Escherichia coli, qui vit dans le côlon.
Si le système immunitaire est affaibli, la plupart de ces bactéries de la flore normale agissent en tant que pathogènes opportunistes.