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Les mutations constituent une famille de jeux spécifiques à l'orgue qui ont comme particularité de ne pas produire la note jouée, mais un harmonique de la note. Ce sont donc des jeux transpositeurs. On les appelle aussi, mais plus rarement, aliquotes.
Les mutations les plus connues et les plus courantes, que l'on trouve pratiquement sur tous les instruments, sont le Nasard et la Tierce. Le Nasard produit une quinte et la Tierce produit une tierce. Si l'on joue sur le seul jeu de Nasard une mélodie en do majeur, par exemple une simple gamme de do majeur, bien que les doigts jouent les 7 touches correspondant aux 7 notes de la gamme de do, c'est-à-dire do ré mi fa sol la si, l'oreille entendra sol la si do ré mi fa#, c'est-à-dire la gamme de sol majeur. De même avec la tierce seule, si on joue la gamme de do, on entendra la gamme de mi, puisque mi est la tierce (on sous-entend évidemment qu'il s'agit de la tierce majeure) de do.
Les jeux de mutations ont deux fonctions essentielles dans l'art de la registration :
- ils permettent de renforcer les harmoniques de la note fondamentale pour lui donner plus de puissance, de présence et ouvrir la polyphonie, séparer les voix, faire ressortir les basses.
- ils permettent d'ajouter des « couleurs », de faire varier les timbres, d'élargir la palette sonore.