On appelle plan d'organisation d'un organisme la disposition relative de ses différents éléments constitutifs (axes de polarité, organes et organites). On doit cette notion à Georges Cuvier qui l'a appliquée à la zoologie, mais c'est Étienne Geoffroy Saint-Hilaire qui établit le lien avec l'évolution des espèces en introduisant la notion d'homologie.
Les plans d'organisation représentent un plan anatomique de base, partagé par tous les organismes d’un taxon, au niveau du phylum, de l’ordre, ou de la classe.
Un plan d'organisation est déterminé génétiquement puisque c'est un caractère héréditaire. Il est déterminé par des gènes du développement comme les gènes homéotiques chez la plupart des bilatériens.
Classiquement les plans d'organisation des animaux définissent les différents embranchements, mais la modernisation de cette notion a permis son extension à l'ensemble du monde vivant, à toutes les échelles (y compris unicellulaire) et à tous les niveaux hiérarchiques de la classification évolutionniste[1].
Les arbres se construisent aussi, en dendrologie, selon des plans d'organisation propres à leurs espèce et famille, et si une contrainte les éloigne de ce plan, ils forment des bois de tension ou des bois de compression pour s'en rapprocher[2].
Le concept des plans d’organisation fait partie intégrante d’autres concepts en biologie évolutive du développement, tels que l’homologie, la modularité et intégration, la canalisation, l’hétérochronie, la variabilité, ou l’évolutivité, d’où sa grande importance.