Le département a été créé à la Révolution française, le en application de la loi du , à partir d'une portion des provinces de Bourgogne, Champagne, Nivernais, Orléanais et Île-de-France. voir aussi :
Repères historiques :
- -800 - Ier siècle av. J.-C. : à l'époque gauloise, le département est occupé par les Sénons et les Lingons, peuples celtes de Gaule. Les Sénons essaiment en Europe et fondent des cités en Italie et en Bohême. Ils prennent et pillent Rome au IVe siècle av. J.-C..
- Ier siècle - IVe siècle: à l'Epoque Gallo-romaine, les Romains battent les Sénons lors de la Guerre des Gaules. Le département fait alors partie de la province de Gaule lyonnaise, dont la capitale est Sens.
- IVe siècle : L'Yonne et ses alentours sont évangélisés par Saint Potentien et Saint Savinien, qui devient le premier évêque de Sens.
- IVe siècle : la fin de l'Antiquité et le début du Moyen Âge est marqué par la conquête des Burgondes.
- Ve siècle - VIIIe siècle : avec la dynastie mérovingienne, les Francs succèdent aux Burgondes.
- IXe siècle - Xe siècle : Les Carolingiens s'installent sur le territoire de l'actuel département
- - 841 : bataille de Fontenoy-en-Puisaye
- - 843 : Lors du Partage de Verdun, Charles le Chauve reçoit la Francie occidentale, dont l'Yonne fait partie.
- XIIe siècle : Naissance de l'art gothique inauguré en même temps à la Cathédrale SAint-Étienne de Sens et à Saint-Denis. De nombreuses autres églises et abbayes sont créées.
- XIIe siècle - XVe siècle : au Moyen Âge, pendant la période de la Renaissance du XIIe siècle, c'est à Vézelay que saint Bernard prêcha la deuxième croisade et que la troisième croisade démarra. Cette période est également le temps de la construction et l'aménagement de châteaux.
- XVIe siècle - XVIIIe siècle : le département développe le commerce, l'industrie et la viticulture.
- Révolution : En 1790, le département de l'Yonne est officiellement créé.
- Guerre franco-prussienne de 1870 : l'Yonne est envahie par les troupes prussiennes.