HomoloGene

HomoloGene é unha ferramenta do Centro Nacional para a Información Biotecnolóxica (NCBI) utilizada como sistema de detección automática de homólogos (similitude atribuible á descendencia dun antepasado común) entre os xenes anotados de varios xenomas eucariotas completamente secuenciados.^[1]^[2]^[3]

O procesamento que fai HomoloGene consiste na análise de proteínas dos organismos con entrada. As secuencias compáranse por medio de blastp, despois emparéllanse e agrúpanse utilizando unha árbore taxonómica construída a partir da similitude de secuencias, na que os organismos máis estreitamente relacionados se emparellan primeiro e logo engádense os seguintes á árbore. As aliñacións de proteínas asígnanse ás súas secuencias de ADN correspondentes; logo, as distancias métricas tales como as de Jukes & Cantor (1969) ou a taxa Ka/Ks tamén se poden calcular.^[2]

As secuencias emparéllanse utilizando un algoritmo heurístico para maximizar a puntuación global nunha coincidencia bipartita (véxase grafo bipartito completo), máis que a nivel local. E logo,calcúlase a significación estatística de cada parella. En cada posición realízanse puntos de corte e establécense valores de Ks para evitar falsos ortólogos cando sexan agrupados; ademais, os parálogos son identificados pola busca de secuencias entre as especies máis relacionadas.^[4]

↑ Vize, Peter D. (2004). "Internet tools for cell and developmental biologists". En Sansom, Clare; Horton, Robert M. The Internet for Molecular Biologists: A Practical Approach (en inglés). Oxford University Press. p. 249. ISBN 978-01-9963-888-8.
↑ ^2,0 ^2,1 Pevsner, Jonathan (2009). Bioinformatics and Functional Genomics (en inglés). John Wiley & Sons. pp. 951. ISBN 978-04-7008-585-1.
↑ Baxevanis, Andreas D.; Ouellette, B. F. Francis (2004). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (en inglés). John Wiley & Sons. p. 488. ISBN 978-04-7146-101-2.
↑ Schriml, Lynn M.; Sprague, Judy (2004). "Data Mining the Zebrafish Genome". En Detrich, H. William; Westerfield, Monte; Zon, Leonard I. The Zebrafish: Genetics, Genomics, and Informatics (en inglés). Academic Press. p. 686. ISBN 978-01-2564-172-2.

[1] Vize, Peter D. (2004). "Internet tools for cell and developmental biologists". En Sansom, Clare; Horton, Robert M. The Internet for Molecular Biologists: A Practical Approach (en inglés). Oxford University Press. p. 249. ISBN 978-01-9963-888-8.

[pevsner-2] 2,0 ^2,1 Pevsner, Jonathan (2009). Bioinformatics and Functional Genomics (en inglés). John Wiley & Sons. pp. 951. ISBN 978-04-7008-585-1.

[bio-3] Baxevanis, Andreas D.; Ouellette, B. F. Francis (2004). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (en inglés). John Wiley & Sons. p. 488. ISBN 978-04-7146-101-2.

[zebrafish-4] Schriml, Lynn M.; Sprague, Judy (2004). "Data Mining the Zebrafish Genome". En Detrich, H. William; Westerfield, Monte; Zon, Leonard I. The Zebrafish: Genetics, Genomics, and Informatics (en inglés). Academic Press. p. 686. ISBN 978-01-2564-172-2.

[1]

[2]

[3]

[4]