PubChem é unha base de datos de moléculas. É un sistema operado e mantido polo National Center for Biotechnology Information (NCBI), parte da National Library of Medicine, dependente á súa vez dos National Institutes of Health estadounidenses. Pódese consultar gratuitamente a través de Internet, ademais de poder descargar os datos de millóns de estruturas vía FTP. A maioría das moléculas listadas en PubChem teñen un peso molecular inferior a 2000 uma. A American Chemical Society tentou restrinxir as súas actividades, alegando que competían co seu Chemical Abstracts Service. Máis de 50 provedores de bases de datos contribúen ao crecemento de PubChem.