James E. Rothman (lahir: 3 November 1950) adalah seorang profesor di Yale University warga-negara Amerika Serikat yang memperoleh Penghargaan Nobel Kedokteran tahun 2013 bersama Randy W. Schekman dan Thomas C. Sudhof untuk hasil karya mereka dalam menemukan mesin pengatur lalu lintas vesikel (sel berisi cairan) pada sistem transportasi utama di dalam tubuh kita.