Struktur protein adalah susunan tiga dimensi atom-atom dalam molekul protein. Secara kimiawi, protein merupakan polimer yang disusun dari monomer asam amino melalui ikatan peptida sehingga dapat disebut juga sebagai polipeptida. Namun, protein bisa disusun dari satu rantai (molekul) polipeptida saja atau gabungan dari beberapa polipeptida. Struktur protein terdiri dari empat tingkatan: primer, sekunder, tersier, dan kuartener.
Untuk menjalankan fungsinya, protein "melipat" menjadi satu atau lebih struktur tiga dimensi yang dipengaruhi oleh sejumlah interaksi non kovalen, seperti ikatan hidrogen, interaksi ionik, gaya van der Waals, dan interaksi hidrofobik. Untuk mengetahui cara kerja protein dalam level molekul, ilmuwan sering harus mengetahui terlebih dahulu struktur tiga dimensinya. Hal ini menjadi topik dalam bidang biologi struktur, yang menggunakan teknik-teknik seperti kristalografi sinar X, spektroskopi NMR, mikroskopi elektron kriogenik (cryo-EM), dan interferometri polarisasi ganda untuk mencari tahu struktur protein.
Satu molekul protein sendiri dapat terbentuk dari puluhan hingga ribuan asam amino. Berdasarkan ukuran fisiknya, protein digolongkan sebagai nanopartikel karena memiliki ukuran partikel pada rentang 1–100 nm. Sejumlah protein juga dapat berkumpul menjadi strukur yang sangat besar, misalnya mikrofilamen yang terdiri dari ribuan molekul protein aktin.
Penelitian tentang struktur protein telah menarik perhatian para ilmuwan, baik dalam bidang kimia maupun dalam bidang biologi. Beberapa bahkan dianugerahi Penghargaan Nobel atas penemuan mereka dalam penentuan struktur protein,[1][2][3] metode-metode dalam penentuannya,[4][5][6] dan bahkan prediksinya.[7]