La rete delle aree naturali protette in Estonia è regolata dal Nature Conservation Act (Looduskaitseseadus), un provvedimento approvato dal Parlamento estone il 21 aprile 2004 ed entrato in vigore il 10 maggio del 2004.[1][2]
In base a tale provvedimento, le aree protette dell'Estonia si classificano in:[1]
In aggiunta, la legge estone dichiara le seguenti aree protette, che sono designate per la conservazione dell'habitat, per la preservazione del quale sono previste solo attività stabilite e le attività responsabili di danneggiare la favorevole conservazione dello status dell'habitat sono severamente proibite.[1]:
La legge sulle aree protette si è sviluppata in questi ultimi decenni in cui l'Estonia ha riconquistato la propria indipendenza. Ai tempi dell'occupazione sovietica RSSE vi erano solo cinque aree protette categorizzate come zapovedniks (riserve naturali scientifiche) ed erano: Vilijandi, Viidumae, Endla, Nigula e Matsalu. Notoriamente i sovietici non ebbero molta cura dell'ambiente naturale.