La meccanica molecolare è la descrizione dei sistemi molecolari tramite l'uso della meccanica classica. La meccanica molecolare sfrutta una serie di caratteristiche delle molecole che possono essere descritte mediante le leggi della fisica classica, nonostante siano sistemi quantomeccanici. Il vantaggio di questa tecnica consiste nell'evitare un formalismo complesso e dispendioso come quello della meccanica quantistica e permette così di trattare con facilità e senza costi computazionali eccessivi molecole grandi come polimeri e proteine, o molecole per cui una trattazione quantomeccanica è troppo complessa. La meccanica molecolare si basa sul calcolo dell'energia delle molecole e dei solidi mediante funzioni empiriche contenenti parametri.
L'insieme di queste funzioni e parametri prende il nome di Force field o campo di forze, ossia un potenziale che descrive l'energia di un sistema chimico in funzione delle coordinate spaziali di tutti i suoi atomi. Il campo di forze include anche i campi elettrici e le interazioni intermolecolari che la molecola genera attorno a sé: in questo modo è possibile valutare le proprietà di interazione della molecola in esame rispetto ad un particolare ambiente, in una certa conformazione, o rispetto ad un'altra molecola. La limitazione principale della meccanica molecolare è la sua dipendenza dalla disponibilità di parametri empirici per i legami/atomi che si intendono studiare, a differenza dei metodi computazionali cosiddetti "ab initio" che fanno uso solo di costanti fondamentali della natura come parametri.
L'immediata estensione della meccanica molecolare è la dinamica molecolare, ovvero l'utilizzo del Force field al fine di valutare il comportamento dinamico di una molecola.