Protomero

In biologia strutturale, il protomero è l'unità strutturale di una proteina oligomerica. È la più piccola unità composta da almeno due catene proteiche diverse che formano un etero-oligomero più grande in associazione a due o più copie di questa unità.

Il termine fu introdotto da Chetverin^[1] per rendere non ambigua la nomenclatura nell'enzima Na+/K+-ATPasi. Quest'ultimo è composto da due subunità: una grande subunità catalitica α e una più piccola subunità glicoproteica β (oltre a un proteolipide chiamati subunità γ). All'epoca non era chiaro come funzionassero insieme. Inoltre, quando si parlava di dimero, non era chiaro se ci si riferisse ad αβ o a (αβ)₂. Chetverin suggerì di classificare αβ come protomero e (αβ)₂ come diprotomero.

I protomeri di solito si organizzano secondo una simmetria ciclica per formare simmetrie a gruppo puntuale chiuso.

In chimica, un protomero è una molecola che mostra tautomerismo per la posizione di un protone.^[2]^[3]

^ A.B. Chetverin, Evidence for a diprotomeric structure of Na, K-ATPase: Accurate determination of protein concentration and quantitative end-group analysis, in FEBS Lett, vol. 196, 1986, pp. 121–125, DOI:10.1016/0014-5793(86)80225-3, PMID 3002859.
^ (EN) Priscila M. Lalli, Bernardo A. Iglesias e Henrique E. Toma, Protomers: formation, separation and characterization via travelling wave ion mobility mass spectrometry: Protomers: separation by TWIM and characterization by post-TWIM CID, in Journal of Mass Spectrometry, vol. 47, n. 6, 2012-06, pp. 712–719, DOI:10.1002/jms.2999. URL consultato l'11 luglio 2022.
^ Cris Lapthorn, Trevor J. Dines e Babur Z. Chowdhry, Can ion mobility mass spectrometry and density functional theory help elucidate protonation sites in 'small' molecules?, in Rapid communications in mass spectrometry: RCM, vol. 27, n. 21, 15 novembre 2013, pp. 2399–2410, DOI:10.1002/rcm.6700. URL consultato l'11 luglio 2022.

[1] A.B. Chetverin, Evidence for a diprotomeric structure of Na, K-ATPase: Accurate determination of protein concentration and quantitative end-group analysis, in FEBS Lett, vol. 196, 1986, pp. 121–125, DOI:10.1016/0014-5793(86)80225-3, PMID 3002859.

[2] (EN) Priscila M. Lalli, Bernardo A. Iglesias e Henrique E. Toma, Protomers: formation, separation and characterization via travelling wave ion mobility mass spectrometry: Protomers: separation by TWIM and characterization by post-TWIM CID, in Journal of Mass Spectrometry, vol. 47, n. 6, 2012-06, pp. 712–719, DOI:10.1002/jms.2999. URL consultato l'11 luglio 2022.

[3] Cris Lapthorn, Trevor J. Dines e Babur Z. Chowdhry, Can ion mobility mass spectrometry and density functional theory help elucidate protonation sites in 'small' molecules?, in Rapid communications in mass spectrometry: RCM, vol. 27, n. 21, 15 novembre 2013, pp. 2399–2410, DOI:10.1002/rcm.6700. URL consultato l'11 luglio 2022.

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