Morfogenesis (dari bahasa Yunani morphê 'bentuk' dan genesis 'penciptaan', iaitu "penciptaan bentuk") merupakan proses biologi yang menyebabkan organisma mengembangkan bentuknya. Morfogenesis adalah satu daripada tiga aspek asas biologi perkembangan di samping kawalan pertumbuhan sel dan penceraian sel.
Proses ini mengawal taburan ruang sel yang teratur ketika perkembangan embrio sesuatu organisma. Morfogenesis juga boleh berlaku dalam organisma yang matang, di dalam kultur sel atau di dalam jisim sel tumor. Morfogenesis juga menerangkan perkembangan hidupan unisel yang tiada peringkat embrio dalam kitaran hidupnya, atau menerangkan evolusi struktur badan di dalam sesebuah kumpulan taksonomi.
Tindak balas morfogenesis boleh dicetuskan dalam organisma oleh hormon, bahan kimia persekitaran dari bahan-bahan keluaran organisma lain mahupun bahan kimia toksik atau radionuklid pencemar, ataupun tekanan mekanik yang dicetuskan oleh pencorakan ruang sel.