Congregationalisme is een soort kerkbestuur in het protestantisme, waarin elke gemeente onafhankelijk is.[1] Dit soort organisaties vindt men onder andere bij de Anabaptisten, baptisten[2], de congregationalistische kerken, enkele lutherse kerken, vrijwel alle unitarische kerkgenootschappen[3] en de Pinkstergemeenten.
In het christendom onderscheiden deze kerken zich van de synodale kerken (ook wel presbyterianisme genoemd), die worden bestuurd door democratisch gekozen organen van geestelijken en leken en van het episcopalisme dat het bestuur van bisschoppen en aartsbisschoppen kent. Daarnaast bestaan er nog de vrije gemeenten die bij geen enkel kerkverband aangesloten zijn.