Fytopathologie of plantenziektekunde is de studie van de interactie tussen planten en plantpathogenen met als doel het ontwikkelen van strategieën voor de preventie en bestrijding van plantpathogenen.
Ook het gevolg van de werking van abiotische factoren, zoals luchtverontreiniging, wind en koude, op de plant evenals de invloed van vruchtwisseling worden bestudeerd.
Het werkterrein strekt zich uit van molecuul- tot populatieniveau, waarbij gelet wordt op de ecologische, fysiologische, biochemische en moleculaire aspecten van plantenziekteverwekkers en hun interacties met waardplanten (onder andere Cecidologie, plantengallenkunde). Het betreft onder andere pathogenese, virulentie, avirulentie, resistentie, antagonisme en biologische bestrijding.
Plantenziekten kunnen niet alleen een lagere productie veroorzaken, maar kunnen ook grote kwaliteitsachteruitgang bewerkstelligen.
Ook kunnen schadelijke toxinen door schimmels geproduceerd in het voedsel terechtkomen. Een voorbeeld hiervan is moederkoren (Claviceps purpurea) bij granen, dat vroeger voor grote vergiftigingsproblemen zorgde. Tegenwoordig zijn het fusariumaantastingen bij granen die te hoge toxinegehalten, zogenaamde DON (deoxynivalenol), kunnen veroorzaken. (Deoxynivalenol is een trichotheceen)
Door kennis over de veroorzakers en hun levenscycli kunnen betere bestrijdingsmaatregelen tegen plantenziekten genomen worden.