Johannes Duyschot (Amsterdam, 20 april 1645 - Den Haag, 2 mei 1725) was een 17e-eeuwse orgelbouwer in Holland in de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden.
Hij wordt gezien als de laatste Hollandse orgelmaker die volgens de oude tradities bouwde. Hij leerde het ambacht van zijn vader Roelof Barentszn en nam diens bedrijf over. Omdat zijn zoon Andries zich alleen als reparateur van orgels manifesteerde domineerden na de dood van Duyschot de buitenlandse orgelmakers in de Nederlanden, met name Duitse, van wie Christian Müller, bouwer van het beroemde orgel in de Grote of Sint-Bavokerk van Haarlem, een van de bekendste is.