Shell Pernis is een petrochemisch complex van Shell aan de Vondelingenplaat bij de Nederlandse plaats Pernis (gemeente Rotterdam), waar ruwe aardolie wordt verwerkt tot bruikbare producten zoals benzine, kerosine, diesel en grondstoffen voor de chemische industrie.
Door pijpleidingen zijn de fabrieken van Shell verbonden met de Maasvlakte Olie Terminal en Europoort Terminal, het onderdeel van de olieraffinaderij dat zorgt voor de ontvangst, de opslag en het verpompen van ruwe olie en nafta en Shell Moerdijk, een vestiging van Shell Nederland Chemie B.V.