Een vlaggenschip (verouderd: admiraalsschip) is binnen een vloot het schip waarop de bevelhebber van die vloot is te vinden. Bij een groep oorlogsschepen is dit het schip dat gebruikt wordt door de officier die de groep leidt, vroeger wel vlaggeman genoemd, omdat hij het recht had een commandovlag te voeren. De term wordt ook gebruikt in de koopvaardij en duidt dan op het meest toonaangevende schip van een rederij of een konvooi. Door overdrachtelijk gebruik kan vlaggenschip in het algemeen worden gebruikt om het meest toonaangevende onderdeel of product of van een organisatie aan te duiden.