Anatomi (frå gresk: ἀνατομία anatomia, frå ἀνατέμνειν anatemnein, å skjere opp) er vitskapen om bygnaden til organismar. Til vanleg nyttar ein ordet berre om makroskopisk anatomi, det vil seie studiet av dei strukturane ein kan sjå utan mikroskop. Mikroskopisk anatomi, eller histologi , er studiet av cellar og cellevev ved hjelp av mikroskop.
Anatomien kan ein dele opp i dyreanatomi (zootomi) og planteanatomi (phytomi). Denne artikkelen vil ikkje ta for seg planteanatomi. Dyrenanatomi kan ein så dele vidare opp etter art, t.d. menneskeanatomi. Ei grein innanfor anatomien er komparativ anatomi, kor ein samanliknar artar.
Patologisk anatomi tyder skildring av sjuke organ.