Vindskjer er skilnad i vindstyrke og/eller vindretning mellom to punkt i atmosfæren. Om skilnaden er med høgda kallar ein det «vertikalt vindskjer», og om det er mellom to horisontale punkt kallar ein det «horisontalt vindskjer».
Vindskjer kan ha innverknad på farten til eit fly i forhold til lufta i samband med letting og landing, og dette kan av og til ha katastrofale følgjer. Mange flyulykker har hatt samanheng med vindskjer. Vindskjer kan òg påverke kor kraftig eit torevêr kan bli, men motverkar utviklinga av tropiske syklonar. Turbulens er ein effekt som ofte oppstår i samband med vindskjer.