Jukon stał się terenem kolonizacji przez kompanie handlowe, najpierw Kompanię Północno-Zachodnią, a potem Kompanię Zatoki Hudsona, od końca XVIII wieku i przez pierwszą połowę XIX wieku. Potem wraz z załamaniem się rynków na wyroby skórzane i futrzarskie ponownie opustoszał. W 1867 region Jukonu wszedł pod administrację kanadyjską jako Dystrykt Jukon, część Terytoriów Północno-Zachodnich. W 1908, wobec konieczności rozszerzenia administracji w czasie Gorączki złota w Klondike, Jukon został oddzielnym terytorium. Po wygaśnięciu gorączki złota pozostał terytorium, z bardzo ograniczoną administracją. Dopiero w drugiej połowie XX wieku nastąpiło powolne odradzanie się terytoriów, głównie w wyniku nowych odkryć geologicznych i rozwoju turystyki.