Harmonija (grško: αρμονια = skladnost) predstavlja akordično oziroma vertikalno strukturo neke glasbene kompozicije.
Je oblast glasbenega mišljenja, ki usklajuje odnose med toni v vertikalnem prerezu. Vertikalne ali istočasne kombinacije tonov pogosto pogojujejo določeno horizontalno tj. melodično ali linearno gibanje (vodilni in drugi karakteristični toni kot so none, septime, zadržki, ki težijo k razvezom oziroma k horizontalnim premikom.) Harmonijo so začeli kot samostojno vejo glasbene teorije preučevati relativno pozno. Prvo samostojno znanstveno obravnavo harmonije najdemo v delu Jeana Philippa Rameauja Traite de l'harmonie (1722).
Izraz harmonija se včasih uporablja tudi kot sinonim za akord, npr. ko se namesto o nizu akordov govori o nizu harmonij. Glede na to, da je vsa večglasna glasba kontrapunktična glasba, že od vseh začetkov vsebuje tudi harmonske elemente.