Ett generaldirektorat är en avdelning inom Europeiska kommissionen eller, i viss utsträckning, inom Europaparlamentet och Europeiska unionens råd. Dessa avdelningar ansvarar för väl avgränsade administrativa uppgifter inom ett eller flera sakområden. Varje generaldirektorat leds av en generaldirektör. Generaldirektoraten inom kommissionen har ungefär samma uppgifter på europeisk nivå som ministerier eller departement har på nationell nivå.
Varje generaldirektorat är underställt en kommissionsledamot. En kommissionsledamot kan vara ansvarig för flera generaldirektorat; således är antalet generaldirektorat fler än antalet kommissionsledamöter.