Zanzibar ilhali ni sehemu ya Jamhuri ya Muungano wa Tanzania ilipata tena bendera ya pekee tangu Januari 2005. Inaunganisha bendera ya Tanzania na ile ya Jamhuri ya Watu wa Zanzibar ya mwaka 1964 iliyotumika kati ya mapinduzi ya Januari na muungano ya Zanzibar na Tanganyika wa tarehe 26 Aprili 1964.