Autofagija ili autofagocitoza (from the grč. auto- = sam + phagein = jesti), je prirodni destruktivni mehanizam koji, u reguliranomu procesu, razgrađuje nepotrebne ili disfunkcionalne ćelijske komponente.
Autofagija omogućava urednu degradaciju i recikliranje mobilnih komponenti.[1] Tokom ovog procesa, ciljani citoplazmatski sastojci se izoliraju od ostatka ćelije unutar dvomembranske vezikule, poznate kao autofagosom. Autophagosom se zatim spaja s lizosomom i sadržaj se zatim degradira i reciklira.[2] Tri različite forme autofagije su uobičajeno opisane: makroautofagija, mikroautofagija i šaperonom posredovana autofagija.[3] U kontekstu bolesti, autofagija se vidi kao adaptacijski odgovor na stres, promovirajući opstanak, dok se u drugim slučajevima čini da promovira smrt ćelija i morbiditet. U ekstremnom slučaju gladi, razlaganje ćelijskih komponenti promovira ćelijski opstanak održavanjem razine ćelijske energije.[2] Ime "autofagija je uveo belgijski biohemičar Christian de Duve, 1963.[4]
Autofagija je visoko konzervirani proces katabolizma u eukariotskim ćelijama, u citoplazmi, uključujući i višak organela ili oštećenih ili nenormalnih. Ovaj proces igra bitnu ulogu u adaptaciji na gladovanje i promjene u okolišnim uvjetima, u ćelijskom remodeliranju tokom razvoja i akumulaciji promjena, u organelama hipergeneriranih reaktivnih vrsta kisika (ROS) i u ćelijama u starenju.[1]