Autoimunita je stav, při kterém některá ze složek imunitního systému reaguje na struktury vlastního organismu, které tím zpravidla poškozuje. Jinými slovy, jedná se o imunitní odpověď na antigeny vlastního těla. Mnohdy taková reakce vyvolává autoimunitní onemocnění, k nimž patří například roztroušená skleróza, revmatoidní artritida, Sjögrenův syndrom, diabetes melitus 1. typu či celiakie. Autoimunitní choroby postihují asi 3 % populace (ženy častěji).[1]
Významově opačným pojmem je autotolerance, tedy schopnost organismu tolerovat struktury jemu vlastní. Porucha autotolerance je tak vlastně příčinou autoimunity.