A endosimbiose é unha asociación estreita entre especies, na cal os individuos dunha especie viven dentro do corpo ou das células da outra. O organismo que vive no interior chámase endosimbionte. Etimoloxicamente o termo pode usarse para designar a calquera simbionte que viva no interior do corpo doutro ser vivo, pero para este concepto existe tamén o adxectivo endosomático (simbionte endosomático), un exemplo dos cales son as bacterias da flora intestinal. Algúns usan o termo endosimbiose principalmente para describir a relación que existe cando un microorganismo vive de forma normal dentro das células doutro ser vivo, pero non é imprescindible a localización intracelular para usalo.
Algunhas veces as endosimbioses son obrigadas, xa que un dos organismos ou ambos xa non poderían vivir por separado, como é o caso do verme mariño Riftia, que non ten intestino e nútrese grazas ás súas bacterias endosimbiontes.
Algúns orgánulos celulares eucariontes, como as mitocondrias e os plastos (cloroplastos), proceden dunha simbiose inicial con bacterias. Os orgánulos de orixe endosimbiótica aparecen moi transformados, pero conservan un xenoma propio e multiplícanse autonomamente, feito que revela a súa orixe como organismos distintos. Grazas á endosimbiose os organismos eucarióticos teñen a capacidade de realizar procesos metabólicos que evolucionaron orixinariamente en bacterias, como a respiración celular, realizada polas mitocondrias, a fotosíntese, feita nos plastos, ou a fixación do nitróxeno, realizada por bacterias, a miúdo de vida intracelular, nas raíces de certas plantas.