Die hipotalamus (van Antieke Grieks ὑπό (hupó) 'onder', en θάλαμος (thálamos) 'kamer') is 'n gedeelte van die brein wat 'n aantal klein kerne met 'n verskeidenheid funksies bevat. Een van die belangrikste funksies van die hipotalamus is om die senuweestelsel via die pituïtêre klier (hipofise) aan die endokriene stelsel te koppel. Die hipotalamus is onder die talamus geleë en is deel van die limbiese sisteem. In die terminologie van neuroanatomie vorm dit die ventrale deel van die diencephalon. Alle gewerwelde breine bevat 'n hipotalamus. By mense is dit die grootte van 'n amandel.