Holobiont (gr. hólos <όλος> wszystko, całość + bíos <βίος> życie) – określenie na organizm eukariotyczny, składający się lub współistniejący wraz z wieloma innymi organizmami prokariotycznymi, żyjącymi w symbiozie. Określenie zostało zaproponowane przez Lynn Margulis w 1991 roku[1].